バチェラーは大正十四年から「アイヌ保護学園」の経営基盤の安定と事業の永続性を目的として、同学園の財団法人化に向けての基金募集活動を開始したが、その経過を略述しておこう。これも「北海道旧土人救育会」のスタイルを彷彿とさせるものがある。
　財団法人の基本財産となる基金の目標額は一〇万円であったが、その活動は主に東京と札幌の二カ所で行われた。東京では徳川義親、吉野作造、内村鑑三、山崎直方、生江孝之らが、バチェラーの活動を積極的に支援し(樽新　昭2・6・11夕)、目標額の半分を達成した(北タイ　昭2・9・16)。
　一方、札幌では中川健三、沢田牛磨、高岡直吉らが基金募集の呼びかけを行うとともに、昭和二年九月には苗穂町の医師・志村太賀志が主唱して「三曲慈善音楽会」を開催した(同前)。しかし、当時の経済不況も重なって目標額の達成には程遠く、昭和二年十二月の時点で七一五〇円余りを集めたに過ぎなかった(東京日日新聞　北海道樺太版　昭2・12・11)。
　翌三年七月には新島善直、宮部金吾、橋本正治らが「アイヌ保護学園維持資金募集発起人」となり、三万円(一口一円以上)を目標額として、基金の募集活動に乗り出した(樽新　昭3・7・11)。しかし、この募集活動も一〇カ月間で一万円程度であった(東京日日新聞　北海道樺太版　昭4・5・11)。昭和五年十月には札幌で、バイオリニスト兼建築家として知られていた田上義也による「バチェラー博士に捧ぐる田上義也提琴演奏会」が開催された(北タイ　昭5・9・29、10・4)。また、同年十一月から十二月にかけて、東京の三井八郎右衛門と三菱商事から各一万円、渋沢栄一と服部金太郎から各一〇〇〇円、宮内省から二〇〇〇円の寄附があり(渋沢栄一伝記資料　第四六巻、樽新　昭5・11・12)、目標額の達成が現実のものとなりつつあった。
　このようにして「バチェラー学園」(昭和四年に「アイヌ保護学園」を改称)は、六年七月に文部省から正式に財団法人の認可を得ることができた。同学園の「寄附行為」によれば、その目的は「アイヌ民族ヲ教導扶助シ其ノ向上ヲ図ル」ことと規定され、また、具体的な事業としては「アイヌノ生徒児童ノ為メ寄宿舎ヲ経営シ教養指導ヲ行フコト」などが挙げられていた(財団法人バチラー学園の概要)。同学園の顧問には徳川義親、新渡戸稲造ら五人、理事長にはバチェラー、理事には宮部金吾、時任一彦がそれぞれ就任した。
　同学園の入所者の就学実態を見ると、六年度には男女合わせて一四人が入所し、「中学校」「工業学校」「女学校」などに通学していた(同前)。また、八年度には一三人が入所し、通学先は「中学校」「商業学校」「裁縫女学校」などであった(札幌市社会事業一覧　昭10)。ちなみに、同学園は昭和十五年にバチェラーが日本を離れるまで存続した。