御殿山溶岩は函館山最高峰の御殿山を中心に分布している。濃灰色を呈し流理構造の発達した岩石で、流理面は非常にうねった形をしている。この溶岩は風化して全般にかなり白っぽくなって高龍寺山溶岩を覆っているが、千畳敷溶岩との関係は直接つかむことが出来ない。従って御殿山溶岩と千畳敷溶岩は一つづきのものである可能性もある(鈴木　長谷川　1963等による)。