4月6日、海陸軍参謀山田市之允、陸軍参謀黒田了介、海軍参謀増田虎之助が協議の結果、脱走軍とはまったく反対の日本海側、江差の北方3里ほどの乙部村(爾志郡乙部町)へ上陸し、攻撃を開始することに決定した。
　4月6日、甲鉄、陽春、丁卯、春日の4艦と雇外国商船オーサカ号、ヤンシー号に長門、福山、弘前、徳山、大野、松前の兵1500人を乗せて青森港を出帆、風と霧のため平館で滞船後、乙部へ向かった。同時に箱館在留の外国領事へは、脱走軍に対する攻撃を開始する旨の通知を行ない、居留民の避難を勧告、このため箱館市中は騒然となったという。
　9日朝、乙部へヤンシー号、オーサカ号が到着し、陸軍は続々と上陸を開始した。脱走軍は、新政府軍が予想外の地に上陸を開始したことを聞き、江差守備の1連隊3小隊(隊長三木軍司)が急行するが、甲鉄以下の軍艦からの側面攻撃で敗走してしまった。さらに江差も軍艦の砲撃を受け、脱走軍は石崎村(桧山郡上ノ国町)まで退いた。新政府軍は、江差で陸軍を3つに分けて箱館へ向かう3道、松前口(国道228号線)、鶉山道口(国道227号線)、木古内間道口(道道江差木古内線)をそれぞれ進撃した。