明治8年三菱商会は横浜・函館間に北海定期航路を開設した。前述したように政府や開拓使の保護のもと、各海運会社が設立されては使命を果たさずに消えていったのに対し、三菱は明治前期を通じて国内の沿岸輸送に大きな役割を果たした。三菱商会は土佐藩営の大阪西堀商会(後に九十九商会、三川商会と改称される)を母体とし、同藩権少参事であった岩崎弥太郎が6年3月に社主となって発足された海運会社であった。部下に石川七財、川田小一郎らを配して、純然たる私企業として海運事業に活躍する体制を整備していった。当初は高知藩から払下げられた汽船9艘、4690トン余で営業を開始した。7年4月に本店を東京に移してから、有力な海運会社として表舞台に登場する。三菱にとり当面の競争相手は帝国郵便蒸気船会社であった。同社は明治4年の廃藩置県の際に政府が諸藩所有の船舶を官収し、それを契機として為替会社の役員に勧めて5年8月に設立させた会社であるが、官収船舶のうちから払下げを受け、政府補助あるいは為替会社から融資をうけ、郵便物や貢米の輸送を主要業務として営業を開始した。当初は黄龍丸(811トン)を始め6隻の汽船と3隻の帆船によったが、その後所有船舶を充実させ航路も拡大していった。主要路線は東京・大阪であったが、東京・宮古・函館の不定期航路も開始された。5年中のこの不定期便については函館への就航は確認できないが、6年になると万里丸、有功丸などの汽船の函館入港がみられ(明治6年「日誌」道文蔵)、またこの航路の開始にともない函館では東浜町に分社を設置した。
　この帝国郵便蒸気船会社が総じて官僚的であったのに対し、三菱は徹底した顧客第一主義の商法で臨み、次第に三菱が優位に立つようになった。三菱が飛躍的に発展する機会が与えられたのは明治7年の台湾出兵であった。政府は同年2月に台湾出兵を決定し、大隈重信大蔵卿を長官とする蕃地事務局を設置し、台湾への兵員軍需品輸送を計画した。当時外国への軍事輸送に供しうる船舶が国内で不足していたので、アメリカの太平洋郵船会社に交渉を試みたが、アメリカの局外中立宣言によって輸送が拒否された。そこで政府は東京丸など13艘、1万トン余の外国汽船を香港で購入した。岩崎の率いる三菱はこの間自社の船舶をもって輸送協力する意向を政府に建言し、この結果、7月三菱に対し、軍事輸送を委託することになった。
　三菱は蕃地事務局から委託された汽船をもって軍事輸送にあたり、これを契機に大隈大蔵卿や大久保内務卿らの政府首脳とつながりを深めることになった。台湾出兵の終結とともに蕃地事務局は廃止され、同局所有船はすべて大蔵省に移管されたが、これらの汽船は引き続き三菱に寄託された。太平洋郵船会社船を始めとする外国商船が外国航路のみならず、沿岸航路にも大きく勢力を奮っていたために政府は三菱を用いてその駆逐にあたらせようとするねらいのためであった。こうした意図のもと8年1月に三菱は横浜・神戸・下関・長崎・上海の定期航路を開設した。ちなみにこれは日本では始めての海外定期航路であった(『日本郵船七十年史』)。