函館県庁が開設されたのは明治十五年三月十六日で、函館県の県令(明治十七年以前の県知事のこと)は、かつての函館支庁開拓大書記官時任為基であった。
　庁舎は函館元町に在った旧開拓支庁の建物が利用され、五月には庶務・勧業・租税・学務・衛生・土木・地理・出納・出港税係等が開設され、そのほかに警察・監獄が設置されていた。(明治十年に租税係を収税係と改称、明治十六年には兵事係を新設)
　なおこの時の三県の管轄区域は次のとおりである。
　　　　　　三県の管轄区域
　　函館県　渡島国全域・後志国南部八郡(磯谷・歌棄・寿都・島牧・瀬棚・太櫓・久遠・奥尻)胆振国西部一郡(山越郡)
　　札幌県　石狩国・日高国・天塩国の全域・後志国北部九郡・胆振国東部七郡・北見国西部四郡
　　根室県　根室国・釧路国・千島国の全部と北見国東部四郡