明治十年(一八七七)、アメリカの動物学者エドワード・モースによって行われた大森貝塚の発掘調査によって、日本の科学的な人類学の幕が開かれた。彼の研究の目的の一つは日本石器時代人の人種論であったが、シーボルト父子の日本先住民＝アイヌ説に対して、モースは非アイヌ説、すなわちプレ・アイヌ説を唱えた。