その後、日本の人類学者、東京大学の小金井良精は、明治二十一年とその翌年に北海道をくまなく旅行し、多数のアイヌ骨格を収集するとともに、日本各地の貝塚遺跡から石器時代人の骨格を収集することにもつとめた。これらの人骨資料、とくに四肢骨の比較研究の結果にもとづいて、小金井は明治期を代表する『日本石器時代人＝アイヌ説』を提唱することになったのである。