ところで以上に取上げた諸社は無格社以上の公認を受けた官社であった。実際には公認を受けていない神社も多数あった。官社となるには氏子数、社殿、境内、基本財産などの基準があり資格審査が厳しかったこともあって、多くが無願社のままであったのである。しかしこれらは社殿、境内が貧弱で荒廃しており不敬に当たるとの理由で取締りの対象となっていた。明治後期に各県で展開されていた一村一社運動でも、こうした無願社の合祀が強行されており、地元住民の意向と信仰を無視した国家神道策には批判が集まっていた。
　北海道でも官社の組織であった北海道神職会などでは、明治四十一年九月五日の創立総会にて「無願神社ノ取締励行ヲ道庁長官へ上申ノ件」を討議しており、その後もしばしば無願社の問題を取り上げていた。ただ実際には、北海道は開拓地でもあったことであり道庁による取締りが強行されたことはなかった。
　その後、昭和に入り敬神思想と国家神道の強化策として、再び内務省では無願社取締りを行っていくようになり、昭和五年に道庁学務部から札幌市宛に「無願神祀」の照会があった。この回答のために札幌市では市内の神官に調査を依頼しているが、調査票に記入された市内の「無願神祀」には表2の諸社があった。

　その他にも水天宮(南一〇西四)、祖霊社(南五西八)なども「無願神祀」にあげられているが、調査票には記入されていない。祖霊社は社則によれば、「祖霊殿ヲ設ケ歴代皇霊及氏子各家ノ祖宗ヲ奉斎シテ幽現一致奉公護国ノ実ヲ挙グルコト」とされた信仰団体であったが、昭和八年四月に一八〇人から婦人会も創設され、機関紙『家の光』を刊行していた(札幌祖霊社　昭16)。
　道庁ではこうした「無願神祀」の調査を実施してはいたが、逆に「移民の信仰、土着心を養成する」上では、たとえ無願社でも構わないという立場をとっており(北タイ　昭10・6・15)、無願社は容認されていた状況であったのである。