この時代の大きな災害に地震と津波があった。安政3(1856)年7月19日箱館に地震が3回あり、翌20日にも2回あった。更に23日に至り、昼九ツ時(正午)地震があり、それが九ツ半(午後1時)ころ大地震となって、家が傾き、あるいは壁が落ちるなどの災害を受けたものもあったが、さいわいはなはだしい損害はなかった。ところが間もなく誰かが津波が来ると叫ぶ者があって、老人や病人などを助けたり、家財などを背負って避難する騒ぎとなった。しかもたちまち海潮が満ちて一進一退するうちに、やがて激しく市街に打ち上げ、家屋を襲い橋を流失するありさまとなった。ことに築島辺では浸水5尺に達し、夜になってようやく鎮まったという。なおこの津波に遭遇した古老の話によると、その時海水がまず引去ったので、魚を捕えようとして出て行ったが、船は碇(いかり)のあるものは傾斜して倒れそうになるので、船子らが棒などを持ってこれを支えていた。しばらくしてごうごうと海鳴りの音を聞き、津波はまた来るといって大騒ぎとなり、船に乗って波とともに市中に入り、町を漕ぎ回り、水の引く時は船を柱に繋ぎ、また水が来たら漕ぎ回って難をのがれた者もあったという。大町では海水が土蔵の中に入り、鶴岡町は土地が低いので浸水最もはなはだしく、500石の船が街路に上ったままとなった。この夜は夜通し街灯をともして、吏員は不慮の災害を警戒し、市民はみな外に地面に坐ったまま夜を徹した。このため官では飯の炊出しをして与え、また富有の人は米や銭など出して救済につとめた。この津波はひとり箱館付近ばかりではなく、東は室蘭、勇払などの海岸を襲った。幸い大害はなかったという。こうして24日、25日にも引続きたびたび微震があり、26日は12回の震動があり、27日夜やや強震があって人々は屋外に飛び出したが、ほどなくおさまり28日および8月1日も2、3回微震があっておさまっている。