先の旧館県地方を函館支庁管轄に組み込むこととなった旨を支庁庶務掛が回達したのは、5年九9月29日であるが、宛先である「掛」には、農政掛(この後12月に民事掛と改称)、会計掛(4年12月金穀掛を改称)、刑法掛、外務掛、運上所掛、海関所掛、建築掛、出納掛、学校掛、病院、砲兵御用掛、邏卒御用掛があった。各掛間が並列の関係か、包括の関係にあるのか確認することはできないが、この時函館支庁には事務を分担する単位として、これらの「掛」があったわけである。本支庁体制が整うと、庁内事務もその分掌等を整理かつ成文化しようとする動きが出てきた。
　6年3月30日に東京出張所の編輯課は「開拓使職務定制」の草稿を進達して黒田次官の判断を仰いだ。この草稿の内、支庁の事務章程のみを抜粋すると次の通りである。
 

 
　この草稿にどのような判断が下されたのかは確認できなかったが、5月9日、東京出張所から支庁事務は4課(庶務課、民事課、会計課、刑法課)に分課(函館、樺太は外事課を加えて5課)することが、札幌本庁へ通知された(同前)。先の草案中支庁分課のみが制定され、章程は正院伺後ということで見送られた。続いて5月28日には札幌本庁から東京出張所へ、支庁の分課が制定された現在、本庁が「係」のままでは支庁との関係からも不相当なので「係」を「局」と改称したいので、大至急回答が欲しいという伺書(同前)が提出された。東京出張所からは6月3日、本庁事務分課を改定した旨と東京出張所の分課も定めたこと(表2－3)が伝えられた。
 
　表2－3　札幌本庁、東京出張所分課表

 

 
　開拓使にあっては、まず支庁の分課が決められ、これを受けて本庁と東京出張所の分課も決められたわけである。3月30日の東京出張所編輯課の「職務定制草稿」の次官伺は、「進達」したものであり、5月9日の支庁分課制定の本庁への通知には函館支庁を除く旨が付記され、札幌本庁、東京出張所の分課は、この支庁分課制定を受けての動きであるのをみると、この一連の事務分課制定は函館支庁が主導していたのではないかと思われる。函館支庁は、8月26日に支庁分課の但書「課中事務多端ニシテ之ヲ分掌スルハ何係ト唱フルベシ」を受けて、支庁内各課の事務分掌案(表2－4)を次官伺書として東京出張所へ提出したが、「追テ事務章程御確定可相成ニ付、先夫迄ハ従前ノ通御据置可然、次官殿へ稟議の上此段及御答候也」との判断が示され見送られている。
 
　表2－4　函館支庁各課分掌案　(明治6年8月伺出、翌9月実施見送り決定)

　「開拓使公文録」5738より作成
　注1　会計課の生産係には「此生産ハ兼テ申立候生産局ニハ無之、煉化石瓦石炭製革等ノ事務取候義二御座候」との但書が付いている。
　注2　課長名は明治6年の「職員表」の各課の筆頭者を入れたものである。
 
　すべてのことは「事務章程」確定後とされた「開拓使職制並事務章程」が制定されたのは、それから2年後の8年11月25日であった。この日は、元老院が創置された日で、元老院と共に内務省、大蔵省、陸軍省、文部省、工部省の職制と事務章程も制改定された。中央官庁の約半分が事務処理の規定を整理したわけである。
　「開拓使職制並事務章程」によると、開拓使の職制は、長官(1人)、次官(1人)、大判官・中判官・少判官(事務糺判)、幹事・権幹事(事務幹理)、大主典・権大主典・中主典・権中主典・少主典・権少主典(文案勘署)、史生(公文繕写)、使掌となり、事務章程は、長官の意見を具申上奏、裁可後施行の事項(上款、11か条)と長官の意見をもって専行できる事項(下款、31か条)に分けられ、13年の改定では、上款のみ10か条となり、下款条項は「其他ハ長官之ヲ専行スル事ヲ得」に改められた。
　「開拓使職制並事務章程」が制定された10日後の12月25日に、諸局章程が制定され、札幌本庁は前の6局(庶務局は記録局と改める)と学校、病院を合わせた学務局の7局体制となり、支庁は記録課、民事課、会計課、刑法課の4課体制となったが、函館支庁は7年に司法省管下の函館裁判所が設置されて刑法課が廃止されていたため記録課、民事課、会計課、外事課の4課となった。このうち外事課は11年2月8日に廃止されて記録課外事係となり、函館支庁内は記録課(公文、履歴、編輯、考査、受付、外事の6係)、民事課(勧業、戸籍、駅逓、警察、営繕、学務、地理の7課と病院、監獄署)、会計課(検査、出納、租税、貸付、統計、用度、の6係と船改所)の3課体制となった。この後13年に郡区役所、戸長役場が置かれたが、主にこの郡区役所・戸長役場の仕事を所管する形で支庁内各課の事務分掌を記載した資料が市立函館図書館に「開拓使各係事務分掌表」として残されている。