道庁時代になり函館をとりまく海運状況はどのような展開をみせるであろうか。三菱、共同が明治18年に合併して日本郵船会社が創立され、道庁時代に入ると、同社の汽船が大きな比重を占めるようになる。またこの時代は地場商人の汽船所有が顕著となっていく時代でもあった。そうしたなかで地場の海運会社が成立したほか、個人所有による汽船船主の活動が非常に活発となる。また船種別では汽船が主流となり、北前船主も汽船に移行することに象徴されるように明治後期は汽船主導の時代であった。従ってこの節では汽船の動向を中心にそういった海運事情の展開がどのようなものであったか、また海運事情の変化が地域にとって、どのような影響を与えたかをみておこう。
　在来の海運は和船の比重が非常に高かったが、10年代後半には西洋形帆船と汽船の噸数が肩を並べ、そして西洋形帆船も20年代の始めころから汽船の発達により減少傾向をみせはじめるのである(古島敏雄・安藤良雄編『流通史Ⅱ』)。函館における商船の出入りもこうした全国的な趨勢と軌を一にしている。表7－15は函館における内国航路の商船の船種別入港推移である。函館の海運は道庁期、すなわち明治20年代に入って大きく発達することになった。それは主に汽船の増加ということがあったからで、西洋形帆船は減少傾向を見せている。これは帆船は運賃が汽船と比較してやや低廉であるが、安全性と迅速さの点で到底汽船に及ばないことにあった。船種別の用途として西洋形帆船は沿岸貨物の回漕に従事するほかに露領漁業の出漁期には外航用途に資格変更をして出漁につき帰港後は内航に復帰した。和船に関しては隻数は多大であるが、石数を噸数に換算すると、後期にあっては和船の占める比重が相当程度低下しているのが分かる。その用途も地廻船と称し近海の魚類や蔬菜類等の輸送にとどまっている(『北海道奥羽沿海商業之状況』)。また和船は近海を航行する小型のものは増加しているが、大型のもの、つまり弁財船は年々減少しており42年には500石以上のものは1艘も出入りしなくなった。
 
　表7－15　函館入港の内国航路商船

　明治21～23年は『北海道庁統計綜』(明治29年刊)
　明治24～36年は『北海道奥羽沿海商業之状況』
　明治37、38年は『統計年報』(明治38年・函館商業会議所編)
　ただし、＊は各年『舵通運輸ニ関スル報告』
　和船は10石を1噸に換算、…は不詳
　明治21～23年は外国航路も含む

商船でにぎわう明治中期の函館港

 
　もっとも全道的にみると26年には和船の出入りが一時的に増加した。この現象について『日本郵船株式会社百年史』では同年秋ころから銀価低落による東アジア貿易の活発化にともない北海道海産物の出荷が急増し、例年閑散期である冬期3、4か月の間も出荷は順調であったため日本郵船が一時的に需要に応じ切れずに和船が活躍したのであろうと述べている。函館においても同様な傾向がみられたものの、函館は早くから汽船海運の基点となっているため、その影響は最小限にとどまっていた。それは道内全体、特に西海岸は日本海ルートの取引形態が残存しているためであろう(表7－16)。
 
表7－16　明治19年・35年道内主要港湾別入港船舶
明治19年

明治35年

明治19年は『北海道庁第1回統計書』、明治35年は『第2回航通運輸ニ関スル報告』による
 
　函館に入港した汽船の噸数は明治20年で50万トン弱であったものが、その後年々増加し26年には100万トン台となり2倍強の増加を示して、さらに34年以降は200万トン台となった。具体的な推移をみると、26年末から27年春にかけての海運好況による船舶不足により日本郵船の東西の神戸・小樽線は常に満船の状態で臨時船も荷主の求めに応じることができなかった(『日本郵船株式会社百年史』)。そして27年5月に東学党の乱が勃発すると日本郵船の汽船は相次いで徴用され定期航海が減少した。この年の6月には函館の在荷が約35万石の巨額に達し本州方面への出荷が停滞した。7月には日清戦争の開戦となり一層海運の渋滞を来した。10月に入り同社は外国船を購入したり、用船をするなどの船繰りをして年末近くにはややおさまった。しかし日本郵船の徴用は日清戦争後も続き、大部分の徴用が解除されたのは29年1月に入ってからであった。なお27年の船舶不足のために運賃高騰といった状況を呈したが、日本郵船の場合でみると日清戦争開戦以前は函館・横浜間の〆粕運賃が100石で60円が11月時点で100円、函館・大阪間が80円から120円と暴騰している(27年11月20日「北毎」)。
　また33年は隻数で前年より270隻余も減少しているの対して噸数の減少が少ない。この年は北清事変がおこり、日本郵船の定期船が再度徴用された。徴用の結果、神戸・函館・小樽東回り線は大きな打撃を受けて北海道における滞貨は巨額となった。そこで郵船は日本船を用船し、また外国航路の大型汽船を回航して臨時航海に当てるなどの緊急の措置をとったために隻数減少の割りには噸数において減少をみなかったのである。
　37年は日露開戦におよび海運に再び大きな打撃を受けることになった。特に、入港汽船の噸数は前年比の半減という事態になった。同年1月より連続的に用船徴発があり特に日本郵船の汽船は徴用されて配船数が減少し､
　これにともない定期航海が減少した。船舶が欠乏し、運賃は高騰したばかりでなく2月9日に開戦し同月11日に浦塩斯徳(ウラジオストク)艦隊が津軽海峡の西方に出現し奈古浦丸が撃沈されるという事態になった。このため警戒体制がとられ函館・青森間すら数日間欠航するに至った。しかし3月になり本州諸港との航海は復旧し、また外国用船の回航があり運賃が低減しはじめた。ところが7月に再び浦塩斯徳艦隊が日本海に出没し、同月20日に津軽海峡を通過し、東海上に出て高島丸を撃沈し同30日には津軽海峡を経て帰航するといった事態が生じ、日本郵船の定期便は数十日間欠航または休航したために交通に支障をきたし貨物が停滞した。また保険会社は保険金の割増しを要求し銀行は荷為替を躊躇するなどの動きがあった。
　この年の6月には函館の在荷が約35万石の巨額に達し7月にはついに開戦となり一層海運の渋滞を来した。しかし8月末からは復旧し翌38年にバルチック艦隊が全滅した後は航路の安全が得られるようになった。37、8年は日露戦争のため出入りの船舶が減少し、一般の荷主には支障を来したが、航海業者は運賃の騰貴と航海の繁忙とにより大いに利益を得た。日露戦争終結後は徴用船が漸次解雇されて、また一般船舶の増加により出入り増加し、運賃も低落した。