明治九年九月、それまで開拓使本、支庁ごとに施行されていた大小区画制を、全道的に統一するための改定が行われ、全道は三六大区、一六五小区に分けられた。この時の亀田郡の編成は『北海道大小区画沿革表』（明治九年九月制定）によると次のようになっている。
　
　　所轄　函館支庁
　　国名　渡島国
　　郡名　亀田郡
　　一小区　　亀田村　深堀村　下湯川村　上湯川村　鷲巣村　志苔村　銭亀沢村　石崎村　亀尾村
　　二小区　　鍛冶村　神山村　赤川村　石川村　桔梗村　大川村　中島村
　　三小区　　一本木村　千代田村　鶴野村　大野村　本郷村　文月村
　　四小区　　峠下村　市渡村　藤山村　軍川村　城山村　飯田村　七重村
　○上湯川村―明治十二年四月鷲巣、下（上カ）湯川二村ヲ併ス
　○下湯川村―明治十二年深堀、上（下カ）湯川二村ヲ併ス
　
　その後明治十二年七月、亀田　上磯　茅部　山越各郡役所の設置に伴い、従来の大小区画は廃止された。