すなわち明治十二年七月茅部山越郡役所は、森村に、亀田上磯郡役所は亀田村に開設されることになり、数ヵ月の準備期間が置かれ両所共に明治十三年一月に開庁されたのである。(この時小安・戸井・尻岸内・椴法華の各村は、茅部郡に組み入れられ茅部郡役所管轄下に属し、その後郡村組み改えにより明治十四年七月二十九日から亀田郡に属することになる)
郡役所の業務は、開拓使の下部行政機関として、郡長を中心に法律や命令を郡下に施行し郡内を統一管理することであり、この行政体制は明治二十一年の改革により、亀田・上磯・茅部・山越の四郡役所が合併され、七飯村に亀田外三郡役所として置かれ、その後明治三十年十一月に廃止されるまで続けられた。
なお明治三十年十一月に廃止された亀田外三郡役所を引き継ぐ役所として、同月亀田支庁が七飯村に設置され、更に亀田支庁は明治三十二年十月一日(施行)には「函館支庁」と改称され、役所は函館に移転されている。
亀田上磯郡役所印(明治13年)
亀田上磯茅部郡役所印(明治21年)