このような経過もあったが、在住制はそのまま実施に移された。ただ問題となった在住頭取等については、安政四年五月にムロラン在住の高橋三平、新家鉄作、イシカリ在住の酒井和三郎が頭取に、イシカリ在住の中嶋彦左衛門が世話役にそれぞれ任命された。また陪臣の在住任命に関しては、安政三年三月に、主立った者については、その藩の意志を確認して行うよう箱館奉行から関係先へ達せられた(南部藩　松前箱館雑記　一九)。