このようにして在住制は多くの問題を抱えつつも継続されたが、幕府が崩壊し、箱館奉行に替わって箱館裁判所(府)がおかれてからも在住制はなお継続された。これをイシカリ在住についてみれば、明治元年(一八六八)八月に、元イシカリ在住の肩書で箱館府に任用された者が四人、そのまま在住として手当を支給された者が大友亀太郎など六人となっている(箱館裁判所評決留)。イシカリ在住の具体的な動向については、次節で述べるが、この時点では、人数は従来いわれているほどには減少せず、全道的にもかなりの人数が明治政府に任用されたと考えられる。