復領後の藩の職制は、前藩制と同じく家老および用人が藩政の要務をつかさどり、その下に寺社町奉行、町吟味役、沖ノ口奉行、同吟味役、勘定奉行、同吟味役、作事奉行および目付があり、箱館には箱館奉行、江差には江差奉行をおいて、その地方を管理させた。そのほか町政は幕府直轄時代と同じで、町年寄をおいて町奉行の指揮により市中取締りに任じ、市民に法度を頒布してこれを守らせ、また諸税の取立て上納をつかさどり、その指揮を受けて出納事務を行う町下代が設けられ、名主の下で受け持ち町内の宗門改その他の雑務を行う町代が置かれた。