新政府の成立により、四月十二日に箱館裁判所──閏四月二十四日に箱館府と改称──がおかれ、箱館奉行から蝦夷地の引継が行われた。イシカリには、参事井上弥吉が七月に派遣され、樋野恵助より引渡しをうけた。この箱館府の成立により、これまでのイシカリ役所の役人は、八月十五日に箱館府に石狩詰としてつぎのように再登用された。

　また、荒井好太郎(在住)は給事席で、学校助教の兼務となり、佐藤玄悦(オタルナイ雇医師)は属事席で、民政方病院掛となっている。さらに鈴木勘兵衛が新たに属事席、大内章三郎が趨事並で石狩詰に任命されている(箱館裁判所評決留)。