幕府は、東蝦夷地直轄と同時に東蝦夷地の場所請負人を廃して直捌とし、産物は一手に買上げることとした。このため、全国主要港に会所を置き、用達を任命して、産物を売捌かせると共に必要品を買集めさせた。運航に要する多くの官船や官雇船は、高田屋嘉兵衛を定雇船頭として指揮させている。高田屋は兵庫・大坂の外に箱館を本拠としたので、箱館は、東蝦夷地の中心として、行政上のみならず経済的にも重要な港となったのである。