「長勝寺並寺院開山世代調」によれば、弘長二年(一二六二)、藤崎村唐糸(からいと)の前(現南津軽郡藤崎町)に創建された。「曹洞諸寺院縁起志」には、北条時頼が衰退していた午堂教院を臨済宗護国寺に改めたとか、霊台寺に改めたなどと記され、戦乱の中で衰微し、曹洞宗万蔵寺に改称したことと、唐糸御前の伝説を伝えている。慶長年間(一五九六～一六一四)長勝寺構の中に移った。なお現在、長勝寺にある「嘉元鐘(かげんしょう)」は、万蔵寺にあったという。