次に雑税であるが、函館市民全体にかかる税として上げられるものは、店役、家役、四半敷役(薪役でのち銭納)、人別銭の4種である。4種とも幕府前直轄期の享和年間に創設されたといわれる税で、人別銭が分頭税である以外は、店の大小、家の大小、貧富の差など見聞割で税額が決定された税である。店役家役は町会所が税額決定通知兼徴収切符をもって徴収し、四半敷役人別銭は、宗門人別下調帳に記載して徴収したものである。店役家役人別銭の3種は3年10月に廃止され、家役は同5年1月廃止されている。なお、人別銭については、「維新前町村制度考」では分頭銭12文とあり、廃止時期不明とされているが、東久世長官「日録」の3年10月3日の項に、「町内人別銭相廃候事農政掛より申付、一人前一年廿四文」とある。「維新前町村制度考」では一般の税として説明されているが、先に掲げた明治3年の収税には漏れており、次に説明する町内入費として捕らえられていたのかも知れない。
　先の4種の雑税以外の雑税は、営業雑種税といえるもので、職種毎に税目が立てられている状態であった。『開拓使事業報告』(第5編租税)に、箱館戦争による戦禍救済ということで賦課免除となった税目と徴収が継続された税目が載っている。運上金が変質した海産税や函館地子永なども含まれ、すべての雑税目が挙げられているわけではないが、函館での現状を反映したものと思われるので次に掲げておく。
 

 
　政府が税制の見直しを進めるに当たって雑税は整理廃止の方向で取り組んでいたこともあって、開拓使もまず3年10月に箱館府から引き継いだ税目の検討がなされ、次いで5年に地券発行という改革に伴う雑税の整理、さらに9年に同8年の太政官布告第23号の廃税目を受けてと、3度の雑税の整理が行われた。各年に廃止となった税目は次の通りである。