函館県は明治17年5月13日農商務卿の認可を得て漁業組合条例を発布し、同年7月1日より施行した。この布達では「捕獲物ヲ売買セズ単ニ遊漁ヲナスモノハ此条例ヲ遵守スルノ限リニアラズ」として、適用範囲は第1条にある「捕獲採藻ノ業ヲ営ムモノ」に限っている。そして、第4条において各組合は「申合規則ヲ定メ水産濫獲ノ弊害ヲ予防シ后来ノ改良ノ方案ヲ謀ルコトヲ勉ベシ」ことを掲げ、この組合条例が全国的な漁業統制が施されていない段階における漁場利用秩序の確立を求めていることがわかる。次に「漁業組合条例」を掲げる。
 

 
　この条例に基づいて17年7月に区内に在籍する漁民により「函館区内漁業者申合規則」の認可が当時の時任県令に上申されている。この規則の内容は、漁法、漁期、体長、操業方法等の漁業制限と繁殖保護が主たるものであるが、北海道の特殊性として他県にはない新規漁業者の編入、本籍・寄留を問わない鑑札付与が許されている。このことは、この時期の漁業秩序の維持が地方政府に委ねられ、かつ漁業者の自主的統制団体の組織化に期待されているためであるが、内地におけるそれは従来からの既得権益の確保に傾いていたといわれる(青塚繁志「明治初期漁業布告法の研究－Ⅳ」『長崎大学水産学部研究報告』第19号)。
　翌18年9月函館区長は漁業者申合規則の改正を県令に申し出て12月17日付で認可されている。この改正の主な点は、規則の体裁を整えたことと、組合への新規加入と出稼者の取扱を取締への届出としたことである。この体裁の整備は、17年11月に公布された同業組合準則(農商務省令37号)の構成に準じたものであろう。また、区内居住者に加入義務を課し、違約者に対する処分法も加えられ、取締り的性格が明確化されたといえよう。「函館区内漁業者申合規約」は次の通りである。
 

 
　明治19年5月5日漁業組合準則(農商務省令7号)が定められたが、北海道庁においては準則により先の「規約を更改せしむることは困難なるのみならず大に民心に影響する所あるを以て農商務省に具状し其既に旧例に拠り組合を団結せし者は其規約改正の期を待ち更に新例を施行せんことを請ひ同年10月その許可を得たり。因って北海道庁は同年11月24日庁令甲第13号布達を以て左の如き漁業組合準則(農商務省例第7号と同じ－引用者)を定めたが、同業組合準則、同業組合例則、昆布営業取締規則に基き既に組合を設け規約認可を得たる分は向後規約改正の際に至り此準則に基き更に組合を組織すべしとの例外を設けた…」(司法省『司法研究』第17号)。
　これにより函館の漁業組合も従来の「申合規則」の下で運営されることとなった。農商務省の調査によれば、明治25年6月30日現在の函館区の漁業組合は表9－43の通りである。
 
　表9－43　函館区内漁業組合

　『水産業諸組合要領』(明治26年刊・農商務省農務局編)より
 
　明治10年代における漁業の問題は、14年頃からのデフレによる漁村経済の窮迫と資源減少→品質低下→対支貿易不振→漁家経営困難→漁獲競争→漁場紛争という悪循環の下で漁場秩序と経営を如何に確立するかであった。明治24年、当時の農商務省大臣陸奥宗光は、全国的漁場統制を目的とした漁業立法の趣旨について提起している。しかし、旧慣に固執する網元等の漁業者と旧制度に恩恵を見出せない小規模漁業者の利害対立があったことと近代化をめぐる法体系の在り方をめぐる政府内における考え方の違いがあったことが、統一的な漁場統制制度の確立を困難にしていた。