明治九年九月八日、開拓使によりそれまで開拓使本庁・支庁ごとに施行されてきた大小区画制を全道的に統一するための改正が行われ、全道は三十六大区・百六十五小区に分割され、椴法華村は小安村・戸井村・尻岸内村とともに第拾八大区壱小区に属することになった。(なお従来各村に配置されていた副戸長は一斉に差免となり村用係りとされている。)
『開拓使官下北海道大小区書』によれば、次のように記されている。
　　第拾八大区壱小区　渡島国茅部郡・同上小安村・戸井村・尻岸内村・椴法華村
　　第拾八大区貳小区　渡島国茅部郡、同上尾札部村・臼尻村・熊泊村・鹿部村・砂原村・掛澗村
　このようにして小安村・戸井村・尻岸内村・椴法華村は再度茅部郡に属したのであるが、明治六年から交通事情を考慮し特に椴法華を戸井出張所の管轄下にしたほどであるのに、こんどは小安村・戸井村・尻岸内村・椴法華村の四村とその他茅部郡の村々を管轄する区務所を森村に設置した。このため小安・戸井・尻岸内・椴法華の諸村は、冬期間や悪天候が続き海路が使用できぬ時などは、陸路函館方面へ戻り川汲峠を越えたり、積雪のため川汲越えができない時は、函館へ出てそののち札幌本道(現在国道五号線)を経て、森に到着する道順をとるなどの困難に耐えなければならなかった。このような訳で大小区画制の改正は住民不在の官側の都合に依る行政改革と云われてもしかたがないような状況であった。