幕府は、ただちに箱館奉行の意見を受け入れ、前幕府直轄時代の産物会所の例に準じ、2、3年試みようという指示を与えて発足したが、会所は、箱館、松前のほか江戸、大坂、京都、兵庫、堺、敦賀、下関、新潟に設置され、江戸の会所は新大橋際植物場内に、大坂は劒先町、兵庫は北浜川崎町(後に鍛冶屋町)、堺は住吉橋西詰に当る住吉橋通北2丁目、敦賀は中橋町に設けられた。