この昇平丸は、長官や判官達と同じ九月二十一日品川を出港した。行先は「函館并銭箱」であった。乗船者は仙台藩石川源太家来佐藤小作郎・町田十郎・井上三郎、東本願寺家来松井逝水・源光寺・長巌寺・山岡新助等である。荷物三九個、函館銭函行きの米一三〇二俵を積み込んでいた(開拓使公文録　道文五七〇二)。別な史料には「米千五百俵」とあり、内訳は一〇〇〇俵は函館、五〇〇俵は銭函とある(諸布達并大蔵省へ定額金之儀照合書類綴込　道文一六五)。しかし実際には、増上寺関係者や清水谷家士など他にも乗船していた。むしろ東本願寺関係者は二十一日になって俄に延期したようである(増上寺史)。昇平丸は、その後表3にあるように、十月二十四日函館に到着した。東本願寺関係者以外は、その二十四日に函館への到着届を出し、東本願寺は二十五日に到着したとして、二十六日に到着届を出している(日記　道文三二二一)。

　開拓使は、十月二十九日船司浦田伊助・金穀積荷監督信沢銀造らを任命した。そして十一月二日に突然船長喜代蔵は、乗り組みのものを罷免して積荷の代金を勘定し、浦田伊助へ引き渡すように開拓使から指示された(旧開拓使会計書類　道文六三二六)。それについて喜代蔵は、十一月四日自分の主人である嘉御主人(嘉納次郎作)へ次のように書き送っている。

　史料にあるように、船長喜代蔵は函館に到着以降、再三開拓使から銭函への米輸送の指令をうけたが、断わっていた。そのため開拓使は最後の手段として、罷免後の諸荷物の精算について、諸道具の引渡しは函館で行うが、米の精算は函館でせず、銭函ですると喜代蔵に指令したのである。喜代蔵は函館での精算を再三希望したが、聞き入れられなかった。このことは、開拓使が昇平丸を早く銭函へ派遣したかったことを示していると思われる。だから喜代蔵に銭函へ行くことを強要しているのである。開拓使が喜代蔵に固執したのは、冬の航行には北の海に慣れている喜代蔵の技術が必要だったからであろう。また逆に喜代蔵が同乗することに同意を渋ったのは、北の海の危険を知悉していたからであろう。その後この交渉は続いたが、最終的には喜代蔵は函館で船を降りて精算を済ませている。(旧開拓使会計書類　道文六四八二)。おそらくベテランの船頭が降りたためであろう、この船の運航はこれからが手間取り、結局三年一月沈没してしまう。そのため、昇平丸が積み込んでいた米と材木はほとんど上がらず烏有に帰した(鈴木忠美日記　北海道史編纂史料　北大図)。