明治15年2月8日に開拓使が廃止されて函館県、札幌県、根室県の3県体制となると、開拓使函館支庁の警察も函館県の手に移った。函館県庁開庁5日前の3月11日、函館県甲第3号布達(明治15年『函館県布達々全書』)をもって函館県管内の警察署設置を布達した(表2－9)。この表中警察本署というのは、13年4月に府県の警保課が警察本署と改称(内務省達乙第18号)されたのを受けて設置されたもので、県庁の分課の1つと位置付けられた。開拓使時代に函館警察署内に吸収された函館支庁民事課警察係が再び独立したようなものである。警察署の職制及事務章程は15年6月28日に制定され(18年1月改正)、職制は警部長、警部、警部補、巡査体制となり、等級は廃止され、警察本署内に庶務(警察事務担当)と調度(会計・給与事務担当)の2係が置かれた。また警察署、分署が増設されているが、これは郡役所設置に合わせて警察署の配置が考えられ、集落に1分署という方針で臨んだ結果である(表2－10)。この内函館水上警察署は、開港場函館の港内取締のために早くから検討されていた警察署で、警部警部補各1人、巡査14人、水夫16人体制で、仲浜町1番地の旧開拓使の船改所を仮庁舎に誕生した警察署であった。
 
　表2－9　函館県警察一覧表

　明治15年函館県甲第3号布達『函館県布達々全書』、明治15年『函館県職員禄』より作成
　函館警察著は明治17年12月1日に鶴岡町1番地(旧馬車会所跡)へ移転
 
　表2－10　函館県警察署・分署新設表

　明治15,16,17,18年『函館県布達々全書』より作成