蝦夷地警備体制としては、盛岡(南部)、弘前(津軽)の二藩にあたらせ、大砲を江戸より廻送して要処に備えた。それとともに、武州八王子の千人同心をユウフツ、シラヌカの二カ所に配備し、開墾と蝦夷地警備を兼備した屯田農兵とした。
　屯田農兵制は、前述した大原左金吾によっても唱えられたが、寛政十二年(一八〇〇)、八王子千人頭の原半左衛門が、同心の二・三男、厄介人等を引き連れて蝦夷地に移住し、警備と開墾とに従事することを願い出、それが許されてはじめて実現をみた。原半左衛門と弟の新助は、同心子弟、厄介人等一〇〇人を引き連れて蝦夷地に入り、半左衛門はシラヌカを、また新助はユウフツを持場とし、それぞれ五〇人ずつに分け、警備を主として耕作も兼ね、会所交易にも従事するというものであった。翌享和元年、後続隊として三〇人が加わり、半分ずつに分けて入地した。彼らの身分は、原半左衛門手付同心の者ということで、扶持は蝦夷地御用掛のユウフツ会所入用金で賄われた。
　しかし、幕府によって蝦夷地内に、それもシコツ越え道の東の玄関口ユウフツ等で試みられた最初の屯田農兵制は、成功していない。原新助自身が入地したユウフツは、火山灰地に加えて湿地帯のため農耕には不適で、ために土地肥沃なムカワに移動している。その結果入地二年目で、数十町歩が耕され、大麦、小麦、粟、大豆、小豆、蕎麦、黒豆、菜豆、野菜類が収穫されたが、浮腫病ないし壊血病に似た症状で死者が続出、享和三年段階で一〇三人入った者のうち、残ったのは八五人であった。
　結局、原半左衛門がたまたま文化元年(一八〇四)、箱館奉行支配調役に組み入れられた後、手付の者も地役御雇に召し抱えられていくこととなり、同四年の西蝦夷地の直轄後は、「以来は御宛行二十俵弐人扶持被下同心と唱へ抱入申たく」と、箱館奉行同心に組み入れられていった(休明光記)。ムカワ開発場も、同五年には「家一軒もなく、元の曠野、平野と荒果」(毛夷東環記)るありさまであった。
　いまひとつ幕府が蝦夷地直轄後、あらたに箱館奉行所の組織のなかに任用した身分に「在住」がある。この時期のサッポロとは直接関わりはないが、幕末の「在住」制との相違を知る意味でみておく必要があろう。
　「在住」の最初の任用は、寛政十二年二月二十八日付の幕府先手青山三右衛門組同心井上忠右衛門が、家族同伴で蝦夷地へ移住することを許可されたのにはじまる。表1は、おもに『休明光記』の範囲内で作成した「在住」一覧表である。表によれば、次に発令の早いのは、八王子千人同心の杉山、石坂、河西の三人で、それぞれ山越内、七重、ユウフツ詰めとなっている。ちなみに河西の職務をみるに、『毛夷東環記』によれば、いま一人の「在住」河田甚太郎とともに、ユウフツ開墾に入った千人同心原半左衛門手付のものの警備と開墾事業に関する出納事務や管理にあたっている。それのみならず、イザリ・ムイザリの漁業権紛争に関与するなど、ユウフツ場所の行政の末端をも担っている。西蝦夷地直轄後は、調役下役に昇進、イシカリ場所詰合も兼ね、イシカリ着任目前に病没している(土人由来記、休明光記)。

　さらに、「在住」手当をみるに、「志願」した井上、河田、望月の場合、井上を別として元身分に応じて二〇〇俵、高金二〇両、一〇人扶持で、道中入用金が下付されている。元身分はどうであろう。圧倒的に同心、組、与力出身であることに気付く。しかも、任用の時期が、寛政十二年と文化四年に集中しているのは、直轄の時期とも関わるのであろう。「在住」の人数では、享和元年には一二人、同三年で一八人である。箱館奉行では、文化四年、「在住」五〇人必要を主張、「小普請、御普代之内より差遣わし、尚不足之分ハ諸向御抱席」よりの補充を提案した。このため、同年あらたに一五人が任用されている。その一方で、河西祐助のように「在住」から調役下役へ昇進したものもいた(休明光記)。
　幕末の「在住」とは、内容においても大きく異なると思われるが、いわゆる「文化度」の「在住」とは、このような経緯で任用された。