クシュンナイを中心とするカラフト直場所経営の手足となって動いたイシカリ役所は、当然多額の費用をつぎこまねばならなかった。表10のように、箱館奉行所が直接金銭で支出した五カ年の経費は二万三三三七両余で、うち一万七一八二両余はイシカリ役所からの出金。これは全体の七三・六パーセントにものぼり、箱館奉行所の名で行われたクシュンナイ直場所経営は、事実上イシカリ役所によって進められたことを物語っている。しかも、その大半は損分として処理され、出稼人への仕込金の回収、直捌にともなう益金など、ほとんど見込めず、収支のバランスを度外視した政策的な投資にほかならない。

　この投資の財源に果たしたイシカリの役割はまことに大きい。まず、安政五年の準備段階で二二五一両余がイシカリ役所から支出された。これはイシカリ直捌にともなう同年の収納金高にほぼ相当し、収納金をすべてカラフトに振り向けたと見てよい。翌六年から文久三年までに一万四九三一両余が支出され、年平均二九八六両余となるから、毎年二五〇〇両を目途としたというイシカリ収納金よりも多い。
　イシカリ改革(場所請負人廃止、直捌制導入)による収納金の処理がどうなされたか、従来いろいろ伝えられてきた。イシカリ建府構想の準備積立金説、蝦夷地内での直捌という特殊体制維持の出費、さては一部流用説まで噂を生んでいる。しかし、すくなくとも文久三年までは、その大半がカラフト経営に投入されたのだった。これらにまつわる懐古談を二つ紹介しておこう。