衣川で討たれたはずの義経が、実は生きてエゾ地にわたり、アイヌに文化をもたらしたオキクルミ神になったという伝説もありますが、それは後の松前藩によって政治的に広められたものと考えられます。しかしさまざまな義経伝説の裏側には、藤原氏残党の渡来のように、鎌倉幕府成立のころから東北北部・北海道で人とモノの移動が進み、そのことが擦文文化を変化させ、アイヌ文化を成立させていったという歴史もひそんでいるようです。
　

いずれにせよこの時期、擦文土器に代わったものは、本州からの鉄鍋(内耳鉄鍋といい内側に耳がある)や陶器でした。この時期、人々は竪穴式の住居をやめ、チセとよばれる住居に住むようになります。住居には炉があり、内耳鉄鍋は炉の上につり下げるためのものでした。

アイヌ文化期には、アイヌ民族の精神文化としてユーカラとよばれる口伝えの詞曲が生まれていきます。またチャシとよばれる砦(柵で囲われるなどして、軍事的な意昧だけでなく、指導者の住居や祭場などに使われたとも考えられている)も作られます。ユーカラやチャシがいつころ成立したのかは、まだよくわかっていません。チャシは、Chi(我々)ashi (立てる)というアイヌ語からきたという説とサシという朝鮮語からきたという説があります。恵庭には、茂漁と島松沢の二カ所にチャシの跡がありますが、いつどのような目的で作られたのかは不明です。漁川のイザリはアイヌ語のイチャン(サケの産卵場)からきていますが、チャシの立地とイチャンを関係づける研究もあります。




この戦争のなかで力を蓄え、渡党勢力の長となっていったのが武田信広を祖とする蠣崎氏で、一六〇〇年前後には豊臣・徳川氏の直家臣となり安東氏から完全に独立し、松前藩が誕生していきます。


恵庭には、イシカリ十三場所のひとつシママップ場所(シュマ満布・シママップ・嶋まつふ)とシコツ十六場所のひとつイザリ場所(イザリブト・イチヤリ・伊茶利布登)があったことが知られています(イザリ場所は後にイザリ場所とモイザリ場所に分かれる)。これらの場所がいつ成立したかはわかっていません。しかし「多くの場所は一七世紀の初に設立」(高倉新一郎)したとされ、イシカリ場所・シコツ場所は一七世紀前半には開かれていたと考えられています。また恵庭をふくむ石狩低地帯は、初期の松前藩の代表的交易品だった鷹の主要産地であり、一七世紀ごろの寛文年間までに、多くの「鳥屋場(鷹を捕まえる場所)」が作られていることから、一七世紀後半には「鳥屋場」の名でイザリ・シママップの二つの場所が成立していたと考えられます。
その後一八世紀前半の享保年間になると、商場を商人にまかせることが一般的になりました。これを場所請負制といいます。場所請負制のもとで「場所」は次第に交易の場から漁業など生産の場へと変化し、場所請負人がアイヌを労働力として悪条件で酷使することが横行し、一七八九年(寛政元)のクナシリ・メナシ蜂起の原因ともなりました。


　

しかし、この『松前蝦夷図』には、イシカリからシコツに抜けるルートが描かれており、一六七〇年(寛文一〇)の『津軽一統志』の調査記録にも「いへちまた(現在の江別市付近)よりしこつ　ゆうはりのぬまへ小船にて往来」とあり、十七世紀の後半には、本市付近がよく知られていたことは間違いありません。
文書の記録としては、一七〇〇年(元禄一三)『元禄御国絵図』(現存せず、写が残っている)とともに幕府に提出された『松前島郷帳』にいちやり・島まつふの地名が見え、同年の「松前藩家臣支配所持名前」に「伊茶利布登鳥屋」「シユマ満布鳥屋」の名が見えるのが、今のところ現存する最古の記録のようです。
　



シャクシャインの戦いは、最初は漁猟権をめぐるハエクルのオニビシとメナシクルのシャクシャインの争いが発端でしたが、オニビシを倒したシャクシャインはエゾ地全土のアイヌに蜂起をよびかけ、松前藩＝幕藩体制とアイヌ民族の戦いの火ぶたが切られました。最初は松前軍を圧倒していたシャクシャイン軍ですが、やがて幕府の支援をうけた松前軍が和平すると見せかけてシャクシャインを毒殺。アイヌ民族側は敗北し、エゾ地での松前藩の支配は強力なものになっていきます。
この戦いの背景には、松前藩の不公正な商場交易が、交易相手の制限、漁業権の侵害など、各地でアイヌの権利や利益を侵し、自由な交易を求めるアイヌ民族と交易を独占しようとする松前藩の矛盾が強まっていったことがありました。シャクシャイン軍に参加する和人もいたことは、松前藩の交易独占に対し不満を持つ和人も少なくなかったことを示しています。


　

この千歳越えは、安政年間には、箱館奉行所の新道計画にもとづき、銭函から千歳にいたる幅二間 (約三・六m)の「札幌越え新道」大道路工事がおこなわれ、一八五七年(安政四)ユウフツ場所請負人山田文右衛門(十代清富)によってイザリフト－シママップ間が開かれ、交通の要衝としての恵庭の基礎が作られていきます。
　




　
この漁業権問題は、イザリ川・モイザリ川にウラエ(川をせきとめて漁をする場所)を持ち、サケ漁をしていた石狩アイヌのシレマウカが幕府の東蝦夷地の直轄によってイザリ・モイザリが幕府領となったために漁を禁じられたことから起こりました。争いは石狩アイヌと勇払アイヌ、石狩の役人・請負人と勇払の役人・請負人の争いに発展し、解決までに二十数年を要し、ようやくシレマウカの子のシリコノエに漁業権が戻ったのでした。
この事件は、実状を知らない官僚的な線引きによって、いかに住民の生活がおびやかされるかということと同時に、恵庭がイシカリ・ユウフツ両場所の争いになるほど、すぐれた漁場だったことを教えてくれます。
　


この年、薩長同盟軍と旧幕府軍との間で戊辰戦争が始まりますが、その戦火はエゾ地にも飛び火します。旧幕府海軍をひきいた榎本武揚は箱館に入港し、エゾ地全域を占領。投票によって榎本を総裁に選び、蝦夷島政権を樹立しました。しかし翌年新政府軍の猛攻で箱館は陥落。蝦夷共和国の夢はうたかたと消えました。榎本軍は室蘭に兵を置いていましたが、戦火は道南にかぎられ、恵庭周辺は静かなものだったようです。
　







一八六九年(明治二)千歳郡は、勇払郡・夕張郡とともに高知藩(旧土佐藩)の支配に入り、翌年七十数名の開拓志願者がやってきます。恵庭周辺では、その年イザリフトに三〇〇〇坪(一ha)が開墾されますが、出水にあい開拓小屋まで流され、失敗したと伝えられています。
　

高知藩は、五万両近い金額を使い、積極的に開拓を進めますが、北海道全体で見ると各藩の開拓はいいかげんなものが多く、一八七一年(明治四)、廃藩置県とともに藩の支配には終止符が打たれます。
　


　

それにともない島松沢(島松川右岸の恵庭市側)には駅逓所が新たに設置されました。「駅逓」とは、開拓期の交通・通信の拠点になった場所で、輸送のための牛馬が置かれたり、宿泊にも利用され、郵便物の輸送にも重要な役割を果たしました。島松駅逓所の初代取扱人は山田文右衛門清富です。島松駅逓所は、一八八四(明治一七)に島松川対岸の中山久蔵宅に移るまで、この場所にありました。
　



　

開拓使は、北海道開拓にあたって欧米の農業技術を導入し、寒冷地としての気候条件から畑作を奨励するなど、米作りに関してはきわめて消極的でした。しかし中山久蔵は、道南の大野村(当時)から、寒さに強い品種の「赤毛」を取り寄せ、苗代に風呂の湯を入れて水温を上げるなどさまざまな工夫によって寒冷地稲作の可能性を証明したのです。
さらに久蔵は、収穫されるモミから良いものを選抜しながら収穫を続け、一八七九年(明治一二)には、全道の農家に自作の種モミ数百俵を配布。「中山の赤毛」として、各地の米作りのいしずえを築きました。
　


明治に入ってからも数年おきに噴火をくり返し、一九〇九年(明治四二)には大噴火を起こします。この一八七四年二月の噴火は、規模は小噴火でしたが、開拓使のお抱え測量技師だった船越長善（ちょうぜん）が調査のために現地へおもむき、克明な記録を残しています。それには、漁村にいたって初めて西南に噴煙が吹き出る樽前山が見えたとあり、漁村からのスケッチも残されています。
　


現在恵庭市は酪農のまちとして知られていますが、これが本市の牧場のはじまりです。
　


　


　


とりわけ日高・胆振・石狩の被害が大きく、エドウイン・ダンは「バッタの群が押し寄せて来てから数時聞もたたないうちに玉萄黍（とうもろこし）の葉はすっかり無くなってしまい…すっかり食い尽くされてしまった」と書いています。
この大発生は数年におよび、軌道に乗り始めた開拓に冷や水をあびせるものでした。
　

当時の戸長役場は戸長の自宅を使い、職員も一人という小さなもので、一八八五年(明治一八)まで漁村の鳥井志有四郎が小使(職員)としてつとめています。
戸長役場とは、地域の公共事務や戸籍・徴兵などの国の事務などを扱い、ひとつの戸長役場が複数の町にわたって作られるのが普通でした。道外では一八八九年(明治二二)の町村制施行で廃止されますが、北海道では戸長役場が大正期まで続きます。
　

　


日本の農村の構造が大きく変化する明治二〇年代以降、土地を求める農民を中心とした北海道移民はブームとなり、それは大正中期まで続きます。
　

　

しかし翌年には約六一haの畑地がひらかれ、開拓地でのくらしも次第に安定していきました。この山口団体は、北海道への団体移民のさきがけともいえるものでした。
　





開墾当初は畑作中心だった農業も、低湿地を中心にしだいに水田の造成が進み、明治二〇年代末からは、「造田の時代」といわれるほど、用水路を掘り、水利と造田への取り組みが急ピッチで進んでいきました。
最初のころの稲作は無肥料で、寒冷地に合った「直まき法」(苗代を作らずモミを直接水田にまく)でおこなわれていましたが、そのときモミまきを合理的におこなうために北海道で発明されたのが「たこ足」です。



それは、一定の間隔で碁盤の目のように道路を敷き、一戸あたり約五ha(一万五〇〇〇坪/一五〇間×一〇〇間)の区画を作り、そこに開拓者を入植させるものでした。農村部にある「×線×号」という住所は、このときの区画にもとづくものです。千歳原野の区画は、一八九三年(明治二六)におこなわれ、現在の恵庭から千歳にかけて一〇〇一区画が測設されました。これをもとに開拓者の移住が進んでいきます。






開拓使はアイヌの独自の風習や文化を禁止するなどして和人への同化を図ってきましたが、この年、先住民であるアイヌの「保護」を名目に、農耕生活への転換を強いる「北海道旧土人保護法」が制定されます。「旧土人」という差別的な呼称を用いたこの法律制定の背景には、和人による詐取や虐待、サケ漁の禁漁などで生活基盤を奪われたアイヌが各地で困窮していたことがあります。しかし、アイヌに給与地を与えるとしたこの法律は、アイヌを農民化し、皇民(天皇に忠誠を誓う国民)教育をおこない、いっそうの同化を進めるものに他なりませんでした。実際はその土地の給付すらも満足におこなわれなかったのです。この「北海道旧土人保護法」は、一九九七年(平成九)、「アイヌ文化の振興並びにアイヌの伝統等に関する知識の普及及び啓発に関する法律」の成立によって廃止されるまで続きます。

前年の一八九八年(明治三一)九月八日、台風の豪雨で千歳川・漁川がはんらん、石狩川が逆流して家屋が浸水し、一カ月も水が引かないという被害をもたらしました。このときは幸いに水がつかなかったところは豊作でしたが、翌年十月、千歳川沿岸の各河川が氾濫し、田畑に浸水する被害を出しました。「収穫皆無の大凶作」だったといわれ、二年連続の水害に将来を悲観し、多くの離農者が出ました。本市にとどまった人々は、そのような自然災害とたたかいながら、しだいに農業地帯としての基盤を作り出していったのでした。
　














この役場の設置場所問題というのは、恵庭村役場ができたときに漁村と島松村の対立があり、間をとって中恵庭になったという経過があったことです。同年七月には焼けた庁舎が建て直されますが、このときにも設置場所の対立が再燃。漁市街地に移転させるべきだという意見と、従来の場所に再建すべきだという意見が真っ向からぶつかりました。結局は中恵庭の従来の場所に再建されましたが、対立感情はその後も尾を引きました。