この大調査団は出発が予定より二カ月程おそくなったばかりか、出発前から不評をかうことがあったようで、松浦武四郎は「蝦夷行、堀織部も大不評判」と書いている(安政元年三月五日付、足代弘訓宛書状)。発足してからも二、三百人もの多人数が一度に奥州路から東西北蝦夷地を往復したのだから、その運送、通信、宿泊に動員された住人の労苦は一方ならぬものがあった。
　アイヌは常にその労務にたずさわらなければならなかったが、初めてアイヌに出会ったメンバーの中には風習のちがいに「肝を消ス」(天辺飛鴻)ものさえいた。どの場所でもアイヌ人口は減少していたから、一人に課せられる労働は過重になり、ために他場所から備馬を借用して過労を少しく補わんとし、イシカリもその例外ではなかったろう。それでも月日がたつにつれアイヌとメンバーの心は通じるようになる。西蝦夷地から東蝦夷地に越える際、下働きに随行したアイヌの交代があり、その様子を『天辺飛鴻』は次のように述べている。

　松前藩の負担も並々ならぬものだった。たとえば運送に使う船(押切船)を急拠五艘建造、一艘に二〇人の船頭水主を雇い、この建造費や給金を合わせると用船費だけで三〇〇〇両を超し、その多くは場所請負人の冥加に頼ったらしい。幕吏の旅宿は「軍中同様の事」だから野宿さえかまわぬといい、「御馳走等の御心配は堅く御断」りとは表面上で、松前藩士の挨拶が「甚手薄」だの、先方への連絡準備がおそいというトラブルがたえず、付添った藩士の心労はただならず、これが町奉行近藤兔毛の死を早めたとさえいわれる。この年の福山城下の祭礼の仕方まで、調査団の往返で変更するなど、市中全般に大きな影響をおよぼした。
　こうした住民の迷惑は本州の沿道でも同じだった。たとえば弘前藩の青森で一行の宿を命じられた升屋は手違いを生じ「公儀衆至て立腹」(家内年表　一)、町年寄や名主が次の宿先まで追いすがり許しを乞うありさま。幕吏の増長はエスカレートするばかりで、公儀来泊となると「会所抔は名主早朝ニ詰合、夜ノ四ツ時九ツ頃ニ退出の体ニて甚心配」(同前)したが、箱館奉行所の調役並になる喜多野省吾の通行にあたり藩の役人が出迎えていないと立腹し、宿が不便だ船がよくないと難じ、ついに弘前藩士小笠原勝弥は閉門、町年寄佐藤準助は罷免となるさわぎ。「虎より猛きの幕吏の宿泊所となる信宿は猶耐ゆべきなり。時には風待と号し、旬月に弥たるも有り。所謂、町中大迷惑とは察するに余りあり」と『青森市沿革史』の編者が嘆いたのはけっして誇張でない。
　両グループは箱館に帰着後、調所を称名寺に置いて調査結果の取りまとめにあたった。そうした中、安政元年八月十五日「清三郎より石狩舟雛形到来」(公務日記)とある。清三郎とは支配勘定出役でカラフトの東海岸マアヌイまで北上、西海岸クシュンナイに山越して帰った矢口清三郎だろうが、石狩舟とはどのようなもので何の必要が生じたか興味あることながら詳しい説明はない。調所での評議結果は十月二十八日「松前幷蝦夷地惣躰見分仕候見込の趣大意申上候書付」「北蝦夷地御国疆見込の場所申上候書付」にまとめ老中に提出された。事前に出されていたと思われる「北蝦夷地御取締見込の儀荒増左ニ申上候」をあわせ、三報告書に総括された要旨を表2とした。このほか多くの関係報文が作成されたが、両グループの調査結果はこの三書に集約されており、紆余曲折はあるにしろこれが以後の施政の基本となって、第二次直轄政策が展開したことは、本編各章で述べるところである。



　総括してイシカリをどのように捉えたか。新政策の対象地を三区分し、カラフトに接する地区(蝦夷地の四割)の南端としてイシカリを位置づけた。そこにカラフト経営の前進基地的必要性を認めたのではあるまいか。検分当初はマシケをその有力地に数えていたふしがうかがえる。調査団が日本海岸を北上、カラフトに到達して経過地を検討する中で、イシカリの重要性を認識するにいたったと思われ、それが「イシカリ再検分」実施の要因であったろう。カラフト経営の足がかりとすべきイシカリに漁業収益を期待するとともに、穀菜栽培(異論もあったが)、牛馬牧畜、木材や鉱物資源の産出の可能性を予測し、警衛開墾の強化を打ち出したのである。石狩舟の雛形はこうした新事業の着手にかかわるものであったのだろうか。イシカリにとって、堀、村垣調査団の検分は、新しい時代の幕あけを告げた意義深い出来事であった。