①三層櫓(現天守)を右にみて公式の出入口という御玄関を入ると廊下があり、御広間、奥に続いて二ノ間・上ノ間がある。廊下の突きあたりは屯(たむろ)所といわれる休息所があり、御玄関を入って右の方には二階のある御徒(おかち)目付・御備方(おそなえかた)・御徒休息所がみえる。これらの部屋の北側に中庭を隔てて御用所がある。ここは藩士が勤務したところで、西から東へ上段・御用所上ノ間(家老〈大名の重臣で家務を統轄する者〉が詰める)、二ノ間(用人・大目付…用人は家老の補佐役、大目付は監察を任務とし法規典礼を掌る)・三ノ間(三奉行…寺社奉行・町奉行・郡奉行の総称)・四ノ間(吟味役・勘定小頭(かんじょうこがしら)…勘定奉行の下僚)と続いている。御広間と四ノ間の間には表右筆(おもてゆうひつ)(書記)の部屋があり、上段と上ノ間に時刻を知らせる時計を設置した御時計ノ間がある。

②は西から菊ノ間・竹ノ間・芙蓉(ふよう)ノ間・詰座敷上ノ間・同二ノ間・同三ノ間と続き、芙蓉ノ間の南に鷺ノ間が隣接し、それぞれ役職や身分によって部屋が定められていた。

③表座敷の北側に中庭を隔てて奥座敷があって、座敷が二列に並んでいる。北側は山吹(やまぶき)上段ノ間・山吹(款冬(かんとう))ノ間・浪ノ間・同次ノ間と連なり、南側は山水(さんすい)上段ノ間・山水ノ間・梅ノ間・同次ノ間と並んでいる。

④は藩主の私生活の場で、東・西・南・北の各座敷と二ノ間・三ノ間・四ノ間・次ノ間、四季ノ間・長局(ながつぼね)(総二階の女部屋で一四室からなる)・御料理ノ間・御釜屋(おかまや)などからなる。

⑤大納戸(おおなんど)・小納戸には日常生活に必要なものが納められており、その東には御台所があり、調理に必要な薪炭・味噌・肴などの物置から、行燈(あんどん)部屋や家具を納めてある部屋などがある。

⑥表座敷の西南に御稽古所(藩主の剣・槍術の稽古場)、御武芸所(弓・馬術)があり、能舞台は舞台・楽屋・太夫座敷などがある豪華なもので、藩主は菊ノ間から観賞できるようになっていた。このほかの建物としては、本丸の入口に門と番所、御玄関の東側の石垣ぎわに供待所(ともまちしょ)(来客の供人などを待たせておくために門口に設けた休息所)、その北側に井戸・御仲間(おちゅうげん)部屋(雑役に従事した下男(げなん)・草履取(ぞうりとり)・奴(やっこ)などと呼ばれた下級従者の部屋)があり、北の出入り口には番所が二ヵ所設けられ、警備が厳重であった。