近代日本の地方制度は十一年の三新法(郡区町村編成法、府県会規則、地方税規則)と十三年の区町村会法により基礎が据えられたが、北海道は郡区町村編成法を除きこれら法規の適用除外地とされ、函館で区町村会法による区会が許されたにすぎない。二十一年の市制・町村制も北海道に施行されず、三十二年の北海道区制までは札幌県治の行政機構が手なおしを経ながら続いた。
区行政の責任者である札幌区長は官選人事で、官吏の中から任命された。札幌県時代から引き続き山崎清躬が二十年一月まで在任、根室支庁詰理事官浅羽靖がこれにかわり(市史 第七巻九七八頁)、のち室蘭郡長古川浩平(同九八一頁)、浦河郡長辰野宗城(同九八二頁)、檜山郡長林悦郎(同九八六頁)、増毛郡長林顕三(同九九五頁)と交替した。ただちに施行には至らなかったが、三十年北海道区制が裁可されると札幌区長の専任発令はなく、同年北海道庁官制の改正にともない札幌支庁が設置されると、もっぱら支庁長が区長代理を務め、郡長郡役所は廃止された。この間の札幌区長代理者は蔭山逸夫、村上先、加藤寛六郎の三人である。なお、道庁の行政簡素化方針に沿って郡区と警察署の管轄合一化がはかられ、二十年から二十四年の間は区長が警察署長を兼務した。札幌区長は札幌郡長を兼ねるにとどまらず、夕張・空知・樺戸・雨竜・上川の六郡を一括して所管し、のち改正して千歳・樺戸・石狩・厚田・浜益を加えた一〇郡に広まったが、三十年支庁制にともない郡長は廃され、札幌支庁長が札幌区、札幌郡、千歳郡、石狩郡、厚田郡、浜益郡を管轄するようになったのである。
行政事務は区長のもとに三課が置かれ執行された。三課の分掌は時により変わるが、二十九年一月の機構改正で第一課に庶務、戸籍、農商、土木の四係、第二課に地理、山林の二係、第三課に収税、会計、検査、調度の四係が設けられた。その職員は区長一人のほか二十年には書記一〇人、雇二一人の計三二人だったが、二十九年をみると書記が大幅に増員され二六人、雇は二〇人に減じ、さらに同年書記定員は三四人に改定をみた。
区役所庁舎は明治十三年開設の建物を引続き使用した。写真2がそれで、現中央区南二条西五丁目にあって「敷地六百七十五坪、建物は洋風二階家にして百三十一坪余あり。札幌、夕張、空知、樺戸、雨竜、上川の六郡役所も亦此にあり。(中略)傍に町会所あり。十八年の建築にして建坪八十坪五分あり。総代会議其他集会に用ゆる所なり」(市史 第七巻九八〇頁)とある。この庁舎は二十三年まで使われたが、新たに大通西三丁目に建築移転することになり、二十三年三月十八日工事請負入札の結果、山本宇三郎が二五五七円で落札し工事にとりかかった。年内に落成移転したようであるが、その月日は明らかでない。新区役所は「木造二階建となし、白亜を塗り洋館に擬し、楼下を以て事務室に充て、楼上を分って二室となし、一は小にして地理実測係が地図調製等に用い、一は大にして会議及び総代人会の会場」(木村曲水 札幌繁昌記)にしたという。南二条西五丁目の旧庁舎敷地にあった石造庫は翌二十四年四月に解体して新庁舎横に移築した。
写真-2 札幌区役所と町会所(札幌繁栄図録)
写真-3 大通西3丁目に新築した区役所
(北海道毎日新聞 明治24年6月7日付)
ところが二十五年五月四日の大火で新庁舎は類焼の難にあい、とりあえず師範学校附属簡易科小学校校舎跡を借り受け執務したが、同年十一月十二日付告示をもって旧庁舎跡に区役所の位置変更をした。札幌農学校寄宿舎として貸与中の旧庁舎を仮事務室とし、翌二十六年六月、焼失前の大通西三丁目に新庁舎をまた建築した。工事は藤井磯平が請負い、工費は三九八七円余である。